• Gobiodon Bleeker, 1856
• Gobiodon acicularis Harold & Winterbottom, 1995
• Gobiodon albofasciatus Sawada & Arai, 1972
• Gobiodon albolineatus Smith, 1959 accepted as Gobiodon rivulatus (Rüppell, 1830)
• Gobiodon aoyagii Shibukawa, Suzuki & Aizawa, 2013
• Gobiodon ater Herler, Bogorodsky & Suzuki, 2013
• Gobiodon atrangulatus Garman, 1903
• Gobiodon axillaris De Vis, 1884
• Gobiodon bilineatus Herler, Bogorodsky & Suzuki, 2013
• Gobiodon brochus Harold & Winterbottom, 1999
• Gobiodon ceramensis (Bleeker, 1853)
• Gobiodon citrinus (Rüppell, 1838)
• Gobiodon erythrospilus Bleeker, 1875
• Gobiodon fulvus Herre, 1927
• Gobiodon fuscoruber Herler, Bogorodsky & Suzuki, 2013
• Gobiodon gnathus Tomiyama, 1934 accepted as Lubricogobius exiguus Tanaka, 1915
• Gobiodon heterospilos Bleeker, 1856
• Gobiodon histrio (Valenciennes, 1837)
• Gobiodon howsoni Allen, 2021
• Gobiodon hypselopterus Bleeker, 1875 accepted as Gobiodon citrinus (Rüppell, 1838)
• Gobiodon irregularis Herler, Bogorodsky & Suzuki, 2013
• Gobiodon micropus Günther, 1861
• Gobiodon multilineatus Wu, 1979
• Gobiodon oculolineatus Wu, 1979
• Gobiodon okinawae Sawada, Arai & Abe, 1972
• Gobiodon prolixus Winterbottom & Harold, 2005
• Gobiodon quinquestrigatus (Valenciennes, 1837)
• Gobiodon reticulatus Playfair, 1867
• Gobiodon riculatus (Rüppell, 1830) accepted as Gobiodon rivulatus (Rüppell, 1830)
• Gobiodon rivulatus (Rüppell, 1830)
• Gobiodon rivulatus rivulatus (Rüppell, 1830) accepted as Gobiodon rivulatus (Rüppell, 1830)
• Gobiodon spadix Sato & Motomura, 2024
• Gobiodon spilophthalmus Fowler, 1944
• Gobiodon unicolor (Castelnau, 1873)
• Gobiodon verticalis Alleyne & MacLeay, 1877 accepted as Gobiodon histrio (Valenciennes, 1837)
• Gobiodon winterbottomi Suzuki, Yanao & Senou, 2012
• Gobiodonella Lindberg, 1934 accepted as Lubricogobius Tanaka, 1915
• Gobiodonella macrops Lindberg, 1934 accepted as Lubricogobius exiguus Tanaka, 1915